นักวิจัยใช้วิธีการทางโมเลกุลเพื่อวัดอัตราส่วนของไมโทคอนเดรียของมนุษย์และหนูต่อนิวเคลียร์ดีเอ็นเอ ซึ่งเป็นการวัดความผิดปกติของไมโทคอนเดรีย การลดลงของอัตราส่วนนี้สะท้อนถึงความผิดปกติของไมโทคอนเดรีย เมื่อเปรียบเทียบกับหนูที่ไม่ติดเชื้อ หนูที่ติดเชื้อ HIV ที่ได้รับการรักษาด้วย ART มีความผิดปกติของไมโทคอนเดรียในเซลล์ภูมิคุ้มกันของมนุษย์
ในสมอง หัวใจ ตับ ปอด และลำไส้ ART เองยังส่งผลต่อการทำงานของไมโทคอนเดรียในเซลล์หัวใจของหนู เมื่อรักษาด้วย MitoQ เป็นเวลา 90 วัน หนูที่ติดเชื้อ HIV มีความผิดปกติของไมโทคอนเดรียในอวัยวะต่างๆ ลดลง เมื่อเทียบกับหนูที่ติดเชื้อ HIV ใน ART ไมโทคอนเดรียเป็นโครงสร้างเซลล์ที่สำคัญที่มีความสำคัญต่อการทำงานอย่างราบรื่นของอวัยวะต่างๆ เช่น สมอง หัวใจ ตับ และไต เชื้อเอชไอวีทำให้เกิดการอักเสบเรื้อรังและภูมิคุ้มกันบกพร่อง ซึ่งส่งผลให้อวัยวะเสียหาย สาเหตุของเรื่องนี้ไม่ชัดเจน แต่เป็นที่ทราบกันว่าความผิดปกติของไมโทคอนเดรียมีส่วนทำให้อวัยวะเสียหายและมีอยู่ในเอชไอวีเรื้อรัง ไม่มีวิธีรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับเชื้อเอชไอวีที่ส่งผลต่ออวัยวะต่างๆ เช่น สมอง หัวใจ และตับ